Studentbloggen

Förra månaden var jag ute på min första verksamhetsförlagda utbildning, alltså min praktik. Det var jättekul och jag har länge sett fram emot att få komma ut på praktik och se några spännande laboratorier! Jag blev placerad på Bakteriologen i Huddinge och jag fick lära mig en massor. 

Vår praktik var totalt sju dagar, och jag fick följa med på två avdelningar på patologen. Den första avdelningen jag var på kallas för Luft. Där analyseras olika bakterieprov som är relaterade till sjukdomar i luftvägarna, till exempel prover som tagits från näsa och svalg. Efter det fick jag även hänga med på en avdelning där de bland annat hanterade bakterieprover från bland annat proteser och olika vävnader!

Hur fungerar analys av bakterier?

Då jag inte får berätta exakt hur metoderna såg ut på kliniken, tänkte jag istället sammanfatta hur man generellt brukar göra för att analysera bakterieprovet – såsom vi har lärt oss!

För att kunna analysera förekomsten av bakterier måste man först göra någon sorts utodling av provmaterialet. Bakterier är mycket små och är ofta inte i tillräcklig stor mängd, eller utblandat med annat material från där provet tagits, för att kunna analyseras direkt. Av den anledningen måste man därmed först odla ut bakterierna och låta dem växa till sig först. Allra vanligast odlar man ut provet på en så kallad agarplatta, som är ett sorts geléliknande ämne som innehåller näring till bakterierna. Det finns massor av olika sorters agarplattor som används i olika syften. Till exempel finns det speciella agarplattor där endast specifika bakterier faktiskt kan växa. Dessa agarplattor behöver sedan inkuberas i olika miljöförhållanden (temperatur, syre/koldioxid) för att låta bakterierna växa. När bakterierna sedan har vuxit (eller inte) så börjar själva analysen.

En ritning på hur en agarplatta med bakterieväxt kan se ut. Källa: Originalritning av mig (Maja)

Det finns en massor av olika analyser som går att göra för att identifiera bakterier, men för en riktigt erfaren biomedicinsk analytiker går det ibland att se direkt på det makroskopiska utseendet vilken bakterie det är! Det var väldigt häftigt att se när mina handledare visade mig en platta och direkt kunde säga vad det var baserat på hur de små bakteriekolonierna såg ut! För att vara helt säker måste dock någon sorts verifierad analys användas för att bekräfta vilken/vilka bakterier som vuxit fram. Ett exempel är agglutinationstest som kan göras för specifika bakterier. Då blandar man en liten bit av bakterien med provreagenser, och om det är just den specifika bakterien, kommer lösningen att få små klumpar (agglutinat).

MALDI-ToF – laser och flygtid!

Den allra vanligaste analysen för bakterietypning (och ofta den mest föredragna) heter MALDI-ToF. MALDI-ToF är en förkortning av Matrix-Assisted Laser-Desorption Ionization-Time of Flight. Det låter ju jättekomplicerat, och likt alla analysmetoder får det mig alltid att tänka: hur lyckades någon komma på det här? Så nu ska jag försöka förklara analysen med lite enklare termer!:

MALDI-delen av analysen är en joniseringsteknik, vilket innebär att man vill ge analysmaterialet någon sorts laddning. Det här gör man genom att lägga bakterierna tillsammans med ett sorts ljusabsorberande material (matrix). Vid detta steg dödas även bakterierna så att deras innehåll, med bland annat en massor av proteiner, läcker ut! Sedan sätter man in provet i en maskin med en laser som skjuter mot provet. Laserns ljus absorberas sedan av detta matrix så att den får massor av energi. Den här energin används sedan för att göra proteinerna från bakterierna till joner – alltså får de en laddning.

Sen kommer det roliga – Time of Flight. I Time of Flight-analysatorn tar man proteinerna som nu har blivit laddade, och kastar upp dem i en kolumn – och mäter tiden det tar för dem att nå till mållinjen! Enligt principen kommer proteiner av olika storlekar då att ta olika lång tid på sig att nå mållinjen, och i slutändan får vi som en graf över hur mycket av olika proteiner som hittats under analysen. Det här kallas för ett masspektrum! Dessa spektrum är specifika för olika bakterietyper, eftersom olika bakterier har olika proteiner i olika mängder. De spektra som man får ut vid analysen jämförs sedan med olika databaser för att försöka hitta vilken bakterie som spektrumet passar bäst till. Och vips, så har vi (förhoppningsvis) fått en träff på vilken bakterie vi hade!

Det känns lite som magi ibland, men det är bara lite avancerad kemi! Sådana här metoder och många fler lär vi oss om på biomedicinska analytikerprogrammet. Om du är mer intresserad av att få höra om lite olika analyser, och hur det ser ut bakom kulisserna på olika laboratorier – håll utkik här på bloggen!

/Maja, biomedicinsk analytikerstudent